From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Thu May 2 08:00:00 2024 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Thu, 2 May 2024 08:00:00 +0200 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] ELIXIR-IT workshop: Pangenomics, June 19-21, 2024 Message-ID: COURSE ANNOUNCEMENT Please circulate this email to those who might be interested. ELIXIR-IT is pleased to announce the upcoming workshop *Pangenomics. * COURSE DESCRIPTION: Participants will learn about pangenome concepts and gain practical experience building and analyzing pangenome graphs. They will apply these methods to complex research questions that require understanding the relationships between multiple genomes or accounting for variability when analyzing new genomes. By the end of the practical course / workshop, participants will have a strong understanding of pangenome methods based on whole genome assemblies. TARGET AUDIENCE This course is aimed at PhD-students, post docs or other researchers interested in learning about pangenomics. It will be especially useful for researchers that have (or will have) data of their own. IMPORTANT DATES *Deadline for applications: 17 May 2024* Chosen participants will be notified by: 24 May 2024 *Course date: 19-21 June 2024* VENUE Aula informatizzata, 2nd Floor, Building CU010, Sapienza University of Rome, Piazzale Aldo Moro 5, 00185 Rome, Italy. SELECTION A maximum of 24 candidates will be accepted in the course. Priority will be given to candidates from ELIXIR-IT member institutions and ELIXIR Nodes. *FEE: EUR 70* The fee covers coffee-breaks. Participants are expected to pay their own travel and accommodation costs (if any). Instructors *Erik Garrison* - University of Tennesse Health Science Center *Andrea Guarracino* - University of Tennesse Health Science Center Helpers *Flavia Villani* - University of Tennesse Health Science Center COURSE WEBSITE AND REGISTRATION FORM Full details and registration form available at: https://elixir-iib-training.github.io/site/2024-06-Pangenomics Organisers Vincenza Colonna - University of Tennesse Health Science Center Erik Garrison - University of Tennesse Health Science Center Andrea Guarracino - University of Tennesse Health Science Center Luana Licata Tor Vergata University of Rome - ELIXIR-IT Flavia Villani - University of Tennesse Health Science Center Contact For all kinds of queries, please contact the local organiser Luana Licata at: luana.licata a uniroma2.it. For questions about course content, methods, and materials, please contact: Erik Garrison egarris5 a uthsc.edu Andrea Guarracino aguarra1 a uthsc.edu Thank you for your interest. On behalf of the Organisers Luana Liacata (Tor Vergata University of Rome, Italy) -- *ELIXIR-IT Training * https://elixir-iib-training.github.io/site/ *If you no longer wish to receive updates from the ELIXIR-IT Training Platform please reply to this email by simply putting "REMOVE" in the subject line* -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML č stato rimosso... URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Mon May 13 08:00:00 2024 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Mon, 13 May 2024 08:00:00 +0200 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] Course: Computational Pangenomics - DEADLINE POSTPONED TO MAY 24TH, 2024 Message-ID: Please circulate this email to those who might be interested. ELIXIR-IT is pleased to announce that the deadline to subscribe to the upcoming workshop *Computational pangenomics *has been postponed to * May 24th, 2024. * COURSE DESCRIPTION: Participants will learn about pangenome concepts and gain practical experience building and analyzing pangenome graphs. They will apply these methods to complex research questions that require understanding the relationships between multiple genomes or accounting for variability when analyzing new genomes. By the end of the practical course / workshop, participants will have a strong understanding of pangenome methods based on whole genome assemblies. TARGET AUDIENCE This course is aimed at PhD-students, post docs or other researchers interested in learning about pangenomics. It will be especially useful for researchers that have (or will have) data of their own. IMPORTANT DATES *Deadline for applications: POSTPONED to 24 May 2024* Chosen participants will be notified by: *31 May 2024* *Course date: 19-21 June 2024* VENUE Aula informatizzata, 2nd Floor, Building CU010, Sapienza University of Rome, Piazzale Aldo Moro 5, 00185 Rome, Italy. SELECTION A maximum of 24 candidates will be accepted in the course. Priority will be given to candidates from ELIXIR-IT member institutions and ELIXIR Nodes. *FEE: EUR 70* The fee covers coffee-breaks. Participants are expected to pay their own travel and accommodation costs (if any). Instructors *Erik Garrison* - University of Tennesse Health Science Center *Andrea Guarracino* - University of Tennesse Health Science Center Helpers *Flavia Villani* - University of Tennesse Health Science Center COURSE WEBSITE AND REGISTRATION FORM Full details and registration form available at: https://elixir-iib-training.github.io/site/2024-06-Pangenomics Organisers Vincenza Colonna - University of Tennesse Health Science Center Erik Garrison - University of Tennesse Health Science Center Andrea Guarracino - University of Tennesse Health Science Center Luana Licata Tor Vergata University of Rome - ELIXIR-IT Flavia Villani - University of Tennesse Health Science Center Contact For all kinds of queries, please contact the local organiser Luana Licata at: luana.licata a uniroma2.it. For questions about course content, methods, and materials, please contact: Erik Garrison egarris5 a uthsc.edu Andrea Guarracino aguarra1 a uthsc.edu Thank you for your interest. On behalf of the Organisers Luana Licata (Tor Vergata University of Rome, Italy) -- *ELIXIR-IT Training * https://elixir-iib-training.github.io/site/ *If you no longer wish to receive updates from the ELIXIR-IT Training Platform please reply to this email by simply putting "REMOVE" in the subject line* -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML č stato rimosso... URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Tue May 21 15:18:33 2024 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Tue, 21 May 2024 15:18:33 +0200 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] Sondaggio per Valutazione e analisi del sito web https://elixir-italy.org/ Message-ID: Carissimi, come gią anticipato nella newsletter inviata il 9-05 u.s. disponibile al link https://us21.campaign-archive.com/home/?u=991fc078407a9769c13967356&id=4c78796587 abbiamo aperto un sondaggio importante che ha l?obiettivo di raccogliere le vostre opinioni sul nostro sito web: https://elixir-italy.org/. Le vostre risposte sono preziose per identificare le aree che possono essere migliorate e per rendervi attivi protagonisti delle decisioni sulle modifiche del sito che sono in corso di valutazione. Il sondaggio č di natura esplorativa e le richieste saranno valutate in base alla fattibilitą tecnica ed economica. Potete partecipare al sondaggio cliccando sul seguente link: https://docs.google.com/forms/d/15Tgy_qV-7dp5lLDwUYGvF9PQkw2CAeXup9Pea3ASVvA/edit Vi ringraziamo anticipatamente per il vostro tempo e la vostra collaborazione. Francesca, Chiara e Marilena ? -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML č stato rimosso... URL: -------------- parte successiva -------------- Un allegato non testuale č stato rimosso.... Nome: Screenshot 2023-10-23 alle 09.41.24.png Tipo: image/png Dimensione: 95226 bytes Descrizione: non disponibile URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Tue May 21 17:33:04 2024 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Tue, 21 May 2024 17:33:04 +0200 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] =?utf-8?q?Avviso_assegno_di_ricerca_presso_l?= =?utf-8?q?=E2=80=99Universit=C3=A0_degli_Studi_di_Firenze?= Message-ID: <393383b4-7726-4b8b-be57-c8ffd8c69ea1@unifi.it> Si rende noto che č stata pubblicato l'Avviso di selezione n°1 Assegno dell?Area Biomedica per ,lo svolgimento di attivitą di ricerca conferito dal DMSC dell'Universitą degli Studi di Firenze , settore di riferimento MED/15, per la seguente tematica: "Comprensione dei meccanismi di  risposta/resistenza agli inibitori JAK nelle neoplasie mieloproliferative mediante analisi genomica e trascrittomica su singola cellula ", Responsabile Scientifico: Prof. Alessandro Maria Vannucchi L?assegno č conferito per la durata di 12 mesi con decorrenza 01/07/2024, rinnovabile fino a un massimo di 6 anni. Requisiti:  Diploma di laurea specialistica o magistrale Competenze: Biologia Molecolare, NGS, Bioinformatica, Fisica, Scienze Statistiche , Biotecnologie Mediche, Veterinarie e Farmaceutiche  ed equipollenti TEMATICA DI RICERCA: il progetto si propone di studiare meccanismi di resistenza o perdita di risposta di inibitori della via di segnalazione di JAK2 in neoplasie mieloproliferative croniche mediante analisi di sequenziamento sia target genomico sia di trascrittomica su singola cellula utilizzando celle staminali emopoietiche CD34+ (HSPC). Per ricostruire la dinamica clonale indotta dal trattamento JAKi applicheremo un approccio multi-omico mediante la piattaforma Tapestri che accoppia la genomica delle SC con il profilo immunofenotipico. Per studiare l'impatto di RUXO sull'espressione genica e per individuare marcatori putativi e reti regolatorie coinvolte nella resistenza al trattamento studieremo i cambiamenti trascrittomici a livello del SC sulle stesse cellule. Per accoppiare questi risultati con la genomica delle SC identificheremo le stesse sottopopolazioni di HSPC mediante immunofenotipizzazione utilizzando il dispositivo 10X Genomics. E? possibile visualizzare e/o scaricare bando accedendo dal sito web dell' Albo Ufficiale di Ateneo Fiorentino (n. 6241, https://www.unifi.it/albo-ufficiale.html)  , oppure seguendo il link chrome-extension://efaidnbmnnnibpcajpcglclefindmkaj/https://titulus.unifi.it/albo/viewer?view=files%2F005517976-UNFICLE-dfc0776d-66e0-4321-a072-8b49c693cc8d-000.pdf saluti Paola Guglielmelli -- Prof.ssa Paola Guglielmelli Associate Professor of Hematology Head of the Center of Research and Innovation of Myeloproliferative Neoplasms AOU Careggi, University of Florence Italy Le informazioni, i dati e le notizie contenute nella presente comunicazione e i relativi allegati sono di natura privata e come tali possono essere riservate e sono, comunque, destinate esclusivamente ai destinatari indicati in epigrafe. La diffusione, distribuzione e/o la copiatura del documento trasmesso da parte di qualsiasi soggetto diverso dal destinatario č proibita, sia ai sensi dell'art. 616 c.p., sia ai sensi del D.Lgs. n. 196/2003. Se avete ricevuto questo messaggio per errore, vi preghiamo di distruggerlo e di darcene immediata comunicazione anche inviando un messaggio di ritorno all'indirizzo e-mail del mittente. This e-mail (including attachments) is intended only for the recipient(s) named above. It may contain confidential or privileged information and should not be read, copied or otherwise used by any other person. If you are not the named recipient, please contact (e-mail dell'azienda) and delete the e-mail from your system. Rif. D.L. 196/2003.