From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Wed Mar 22 11:20:46 2023 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Wed, 22 Mar 2023 11:20:46 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] Call for papers - CIBB 2023: Special session on Distributed computing in bioinformatics and computational biology Message-ID: CIBB 2023: Special session on Distributed computing in bioinformatics and computational biology Call for papers September 6-8, 2023, Padua, Italy Website: https://cibb2023.dei.unipd.it/call-for-special.html Distributed computing systems have become pivotal in the analysis of bioinformatics data, especially for the investigation of complex biological problems that require intense computational workloads. The usage of distributed computing systems like Apache Spark, in fact, might allow scientific discoveries on bioinformatics data that otherwise would be impossible if the analyses were performed on personal computers. Our special session on "Distributed computing in bioinformatics and computational biology" aims at calling for researchers able to show the potential and the advance of distributed computing resources to make accurate computational analyses in biological datasets. With this special session, we would like to gather scientific contributions aimed at optimizing the usage of distributed computing systems and resources in any bioinformatics, genomics, and proteomics context. The results presented in these studies would be useful and helpful both for the distributed computing experts and for inexperienced users approaching this subject for the first time. *Topics of interest include:* - - Distributed computing systems in genomics and proteomics - - Bioinformatics projects enhanced by distributed computing platforms - - Optimisation of distributed computing systems - - Application of machine learning methods to bioinformatics datasets enhanced through distributed computing - - Protocols for efficient usage of distributed computing systems *Special session organizers:* - Davide Chicco , University of Toronto, Canada - Umberto Ferraro Petrillo , Sapienza Università di Roma, Italy - Giuseppe Cattaneo , Università di Salerno, Italy - Raffaele Giancarlo , Università di Palermo, Italy - Lorenzo Di Rocco , Sapienza Università di Roma, Italy - Giorgio Grani , Sapienza Università di Roma, Italy *Important Dates* - Short paper submission: April 30, 2023 - - Acceptance/rejection notification: June 9, 2023 - - Camera-ready short paper submission: June 23, 2023 - - Conference: September 6-8, 2023 *Proceedings* The proceedings will not be indexed on Scopus, but, after the conference, the authors of all the accepted short papers presented at the conference will be invited to submit an extended version of their manuscripts to the conference proceedings book in Springer Lecture Notes in Bioinformatics (LNBI) , or to a supplement in a journal such as BMC Bioinformatics or BMC Medical Informatics and Decision Making . -- Lorenzo Di Rocco PhD Student Department of Statistical Sciences La Sapienza - University of Rome P.le Aldo Moro, 5 00185 - Rome, Italy e-mail: lorenzo.dirocco a uniroma1.it -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Thu Mar 23 09:58:45 2023 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Thu, 23 Mar 2023 09:58:45 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] =?utf-8?q?Fwd=3A_I_FAIR=3A_invito_a_collaborare_a?= =?utf-8?q?lle_attivit=C3=A0_del_programma_in_veste_di_revisore_+_proposta?= =?utf-8?q?_primo_seminario?= In-Reply-To: <12a6b063d3ebf76fe344960901b2e4ed@crs4.it> References: <12a6b063d3ebf76fe344960901b2e4ed@crs4.it> Message-ID: Carissimi, segnalo che l'agenzia regionale Sardegna Ricerche sta cercando esperti nella redazione di Data Management Plan a supporto del suo programma I FAIR.  Per gli interessati, le modalità di candidatura, i compensi previsti e ulteriori dettagli sono riassunti nel messaggio inoltrato. Cordiali saluti, Luca -- Luca Pireddu CRS4 - Scalable Computing and Analytics Loc. Pixina Manna Edificio 1 09050 Pula (CA), Italy Tel: +39 0709250452 -------- Messaggio originale -------- Oggetto: I FAIR: invito a collaborare alle attività del programma in veste di revisore + proposta primo seminario Data: 16-03-2023 12:07 Mittente: Franco Cappai Gent.m*  Il Programma I FAIR, https://www.sardegnaricerche.it/index.php?xsl=370&s=439313&v=2&c=6072&nc=1&sc= , ha come obiettivo l?introduzione dei principi FAIR data nella ricerca clinica indipendente condotta nelle strutture sanitarie pubbliche regionali. Con un primo bando, abbiamo reclutato 15 studi clinici che saranno a breve indicizzati in quello che sarà il Registro della Ricerca Biomedica Regionale. Ad aprile pubblicheremo un secondo bando e stiamo reclutando dei revisori che siano in grado di seguire gli studi ammessi nella stesura di un Data Management Plan.  Gli studi saranno valutati singolarmente, da remoto con scambio di documenti e il revisore sarà supportato da una commissione interna di Sardegna Ricerche. Il bando è a sportello e quindi è possibile che chiederemo ai revisori la disponibilità di valutare più studi in momenti diversi. Il lavoro di revisione è scandito in tre fasi per ognuna delle quali è previsto un compenso: - 350 euro per la prima revisione che servirà anche per decidere l?ammissibilità dello studio al bando (l?avvio effettivo dello studio sarà comunque vincolato dall?approvazione del Comitato Etico); - 300 euro per una revisione intermedia del DMP dopo 3 mesi dall?approvazione dello studio da parte del CE; - altri 300 per la revisione finale del DMP dopo 3/6 mesi dalla seconda revisione. L?attività di revisione del DMP (fasi 2 e 3) potrà seguire una linea guida che renderemo disponibile al momento dell?incarico.  Per quanto riguarda i tempi, ogni fase dovrà concludersi in non più di 3 settimane dall?invio della documentazione, all?interno delle quali se necessario potrà tenersi anche una riunione da remoto. Per chiunque fosse interessato, il primo passo è la richiesta d?iscrizione all?elenco dei valutatori di Sardegna Ricerche. È possibile consultare il regolamento dell?elenco a questo link https://www.sardegnaricerche.it/documenti/13_493_20200305095805.pdf. In sostanza, occorrerà inviare una pec a protocollo a cert.sardegnaricerche.it con oggetto ?Candidatura all?iscrizione nell?elenco di esperti valutatori? allegando il CV, una fotocopia di un documento d?identità e il modulo reperibile a questo link https://www.sardegnaricerche.it/documenti/13_493_20200305095832.rtf. Si invitano i candidati a dotarsi di firma digitale in quanto semplifica e velocizza notevolmente tutti i passaggi amministrativi. In mancanza della pec, è possibile inviare la documentazione a ifair a sardegnaricerche.it. Franco Cappai /Referente Programma I FAIR/ /Unità di supporto alla Ricerca Biomedica/ Sardegna Ricerche Parco Scientifico e Tecnologico della Sardegna Edificio 5 Loc. Piscinamanna 09010 Pula (CA) - Italia tel: 070 9243 5604 email: cappai a sardegnaricerche.it www.sardegnaricerche.it skype: Franco Cappai - Sardegna Ricerche From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Mon Mar 27 12:31:19 2023 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Mon, 27 Mar 2023 12:31:19 +0200 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] Call for papers Conferenza GARR 2023 - Deadline 17 aprile 2023 Message-ID: <1fd5502a-157b-0fbf-ece5-cceac4e3b062@garr.it> Care colleghe e cari colleghi, ci fa piacere condividere l'appuntamento per la prossima conferenza GARR "Saperi Interconnessi". La Conferenza GARR è l?appuntamento annuale di incontro e confronto tra utenti, operatori e gestori della rete nazionale dell?istruzione e della ricerca, per condividere esperienze e riflessioni sull?uso della rete come strumento di ricerca, formazione e cultura, in discipline e contesti differenti. La conferenza si terrà a Firenza dal 14 al 16 giugno 2023 e ci farebbe piacere ospitare dei contributi provenienti dalla comunità Elixir. La call per i contributi è aperta fino al 17 aprile 2023. Un cordiale saluto, Sabrina Tomassini ----------------------------------------------------------------- CONSORTIUM GARR The Italian Academic and Research Network Via dei Tizii, 6 I 00185 Roma Phone: + 39 06 49622504 Mobile : +39 366 6112598 E-mail :sabrina.tomassini a garr.it http://www.garr.it ----------------------------------------------------------------- English version Call for papers Conferenza GARR 2023 Saperi interconnessi /Infrastrutture per una scienza ad alte prestazioni/ *//*** ------------------------------------------------------------------------ Scadenza: 17 aprile 2023** ** * È aperta la *call for papers* per la Conferenza GARR 2023 *"Saperi interconnessi. /Infrastrutture per una scienza ad alte prestazioni/***"**, che si terrà presso l'Università di Firenze dal 14 al 16 giugno 2023. ** ** Il tema centrale di questa edizione è l?interconnessione tra i saperi. Il mondo della ricerca e dell?istruzione si prepara a vivere una stagione straordinaria con sfide esaltanti e impegnative, grazie anche agli investimenti del PNRR e ha quanto mai necessità di un confronto multidisciplinare e di competenze avanzate per sfruttare e operare al meglio i servizi digitali. In questo orizzonte, è importante realizzare infrastrutture per la ricerca che siano un valido supporto alle attività che, quotidianamente, gestiscono grandi quantità di dati e che hanno bisogno di prestazioni elevate per la loro elaborazione, trasmissione e conservazione. ** *Sono invitati a proporre contributi tutti coloro che sono protagonisti di esperienze di innovazione nel mondo dell?*università*, della *ricerca*, della *scuola*, della *sanità*, dei *beni culturali*, dell'*arte *e della *musica*. * La scadenza per la presentazione dei contributi è il *17 aprile 2023*. * I temi, collegati sempre a sevizi digitali ed ICT,  sui quali è possibile proporre contributi sono i seguenti: * *Cybersecurity* * *Cloud* * *Internet of Things* * *Artificial Intelligence* * *Machine e Deep Learning* * *Big data e Smart Data* * *Digital twin* * *Sustainable ICT* * *Identità digitali* * *Interoperabilità dei dati* * *Data management* * *Long Term Preservation e accessibilità dei dati* * *Open Science e FAIR Data* * *Ricerca biomedica e dati sanitari* * *Agritech* * *Ambiente e clima ed ICT* * *Energia ed ICT* * *Smart city and communities* * *Industria 4.0 e rapporto ricerca-impresa* * *Didattica digitale* * *Formazione artistica e musicale* * *Valorizzazione dei beni culturali* * *Promozione della consapevolezza digitale dei cittadini* ** * Testo completo della call e maggiori informazioni: https://conf23.garr.it * *Segui la conferenza sui canali social di @ReteGARR: *#confgarr23** -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: -------------- parte successiva -------------- Un allegato non testuale è stato rimosso.... Nome: PMOCmkJnZckrsyVf.png Tipo: image/png Dimensione: 9168 bytes Descrizione: non disponibile URL: -------------- parte successiva -------------- Un allegato non testuale è stato rimosso.... Nome: B2i2DazdKyyHiWh1.png Tipo: image/png Dimensione: 144734 bytes Descrizione: non disponibile URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Mon Mar 27 16:36:45 2023 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Mon, 27 Mar 2023 16:36:45 +0200 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] [ELIXIR-IIB] Elixir-IIB Training Course in Computational Methods for Epitranscriptomics Message-ID: reply-to: elixirit.tp.bari a gmail.com *COURSE ANNOUNCEMENT* Please circulate this email to those who might be interested. ELIXIR-IIB, in collaboration with the University of Bari, Italy, and the support of IBIOM-CNR and IIT, is pleased to announce the upcoming ?Training course in computational methods for epitranscriptomics?. *IMPORTANT DATES:* Deadline for applications: 15 April 2023 Course date: 26-28 April 2023 Acceptance will be notified soon after the registration deadline Course selection will be done according to the needs for the course as emerging from the application form. Priority will be given to candidates from ELIXIR-IT member institutions (see the list ) and ELIXIR nodes. *VENUE:* Area della Ricerca del CNR di Bari Via Amendola 122/o, 70126 Bari, Italy https://www.ba.cnr.it/dovesiamo.html *FEE: *The course is free of charge. Coffee breaks and lunch are offered. Travel, accommodation and additional meals are not included. Full details at: https://elixir-iib-training.github.io/website/2023/04/26/Computational_Methods_for_Epitrascriptomics_Bari.html *COURSE DESCRIPTION:* The aim of the course is to provide a foundation on experimental planning, analytical strategies, and computational approaches for using RNAseq and Nanopore direct RNA sequencing to profile RNA modifications. Participants will learn the fundamental concepts and bioinformatics skills needed for epitranscriptome analysis, and acquire specific skills in command-line tools for calling, annotating and filtering RNA variants. The course also covers theoretical aspects of RNA editing and practical sessions focused on its detection in human/mouse transcriptomes using Illumina RNAseq data. *COURSE TOPICS:* - Theoretical aspects of Nanopore direct RNA sequencing to profile RNA modifications; - Hands on bioinformatics tools for the analysis of Nanopore direct RNA sequencing data; - Theoretical aspects of computational methods to detect RNA editing in human/mouse transcriptomes using Illumina RNAseq data. - Hands on bioinformatics tools for calling, annotating and filtering RNA editing events. Should you have any question, do not hesitate to contact the course Local Organizers (elixirit.tp.bari a gmail.com) Thank you for your interest, The Organisers [image: logo_iib.png] -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Fri Mar 31 17:26:06 2023 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Fri, 31 Mar 2023 17:26:06 +0200 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] SAVE THE DATE: ELIXIR-IT All Hands Meeting - 25-26 September 2023 Message-ID: Dear all, apologies for multiple posting. Please save the following event on your calendar: *ELIXIR-IT All Hands Meeting* *25th - 26th September 2023 (lunch-to-lunch)* *CNR, Rome* The event will be followed by two *parallel* workshops: 1) ELIXIR-IT Community workshop on "Analysis and collection of rare disease data: a joint effort of biomedical and bioinformatics research communities" 26th - 27th September 2023 (lunch-to-lunch) ISS, Rome 2) ELIXIR-IT Community workshop on "ProteomiX ? Mix your knowledge to get more!" 26th - 27th September 2023 (lunch-to-lunch) CNR, Rome Detailed information, the programme and the registration form will be made available in the coming weeks. Please circulate this email to those who might be interested. Best regards, The Organising Committee -- *ELIXIR-IIB Training * https://elixir-iib-training.github.io/website/ -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: