From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Fri Feb 18 16:06:25 2022 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Fri, 18 Feb 2022 16:06:25 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] [ELIXIR-IIB] Practical course on FAIR Data Stewardship in Life Science - 2-4-7-9-11 March, 2022 Message-ID: COURSE ANNOUNCEMENT Please circulate this email to those who might be interested. ELIXIR-IT is pleased to announce the upcoming Practical course on FAIR Data Stewardship in Life Science. The course has been organised by ELIXIR Italy, EOSC-Pillar Project, the ICDI Competence Centre, and EOSC-Life, in collaboration with ELIXIR Netherlands. IMPORTANT DATES: Deadline for applications: *20* Feb 2022 Course date: 2-4-7-9-11 March, 2022 at 14.30 - 17.30 VENUE Online FEE The course does not include any fee. A maximum of *25* candidates will be selected based on their need for the course as emerging from the application form. Priority will be given to candidates from ELIXIR-IT member institutions. COURSE DESCRIPTION The course is focused on FAIR data management and stewardship. It provides the skills, tools, and standards required to embed Open Science in the research workflow, covering many aspects, such as Open Science in Horizon Europe, Open Access in publishing, Research Data Management (RDM), FAIR principles, Open Data, and Data Management Plan. The course has been structured in 5 online training modules, each one built on frontal lessons and several interactions. The detailed program will be available in the next days on the web page. TARGET AUDIENCE This course is in *Italian language* (with only one session in English by invited speakers from the Netherlands), aimed at Italian life-science researchers, technicians, data stewards, and data managers, especially if they are involved in projects that require planning and writing a Data Management Plan. Full details at: https://elixir-iib-training.github.io/website/2022/02/16/FAIR_Data_Stewardship-online.html Should you have any questions, do not hesitate to contact the ELIXIR-IT Training Platform at elixir.ita.training a gmail.com. Kind regards, Loredana Le Pera (ELIXIR-IIB Deputy Training Coordinator, ISS - FAST, Italy) We apologise for cross-posting. Please, email us back with the word REMOVE as the subject line, if you don't want to receive messages from ELIXIR-IT Training anymore. -- *ELIXIR-IIB Training * https://elixir-iib-training.github.io/website/ -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Fri Feb 18 15:50:45 2022 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Fri, 18 Feb 2022 15:50:45 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] Postdoc positions available in Parma University Message-ID: <7f0dae3d-2272-29a9-3d1e-f67099c0c337@unisa.it> Si inoltra per gli interessati, con preghiera di diffusione, questa call per posizioni disponibili presso l'Università degli Studi di Parma, nell'ambito di un progetto di tre anni, nell?ambito del PNRR, dell?importo di 600.000 euro. L?obiettivo è di creare un gruppo di ricerca a carattere internazionale e multidisciplinare composto da giovani ricercatori post dottorali (Young Independent Research Group - YIRG). In sintesi: - I candidati devono aver concluso il dottorato (discussione compresa) da non più di 5 anni. - due delle quattro posizioni dovranno avere un profilo ?internazionale?, ovvero essere stranieri, oppure se italiani non aver passato più di 12 mesi in Italia negli ultimi tre anni. - L?assegno sarà di un anno rinnovabile fino a tre anni totali, di fascia 4 o 5 (stipendio di livello comparabile ad un RTD). - l?inizio delle attività è previsto per il 1 giugno 2022. In particolare, per il profilo ?PD2?, si ricerca un bioinformatico che dovrebbe ricadere nel profilo ?internazionale?. Maggiori dettagli sono disponibili nella call allegata. Per ulteriori riferimenti si prega di contattare la prof.ssa Barbara Montanini all'indirizzo barbara.montanini a unipr.it -- Prof. Anna Marabotti, Ph.D. Associate Professor Department of Chemistry and Biology "A. Zambelli" University of Salerno Via Giovanni Paolo II, 132 84084 Fisciano (SA) Italy Phone: +39 089 969583 Fax: +39 089 969603 Skype contact: annam1972 E-mail:amarabotti a unisa.it Web page:https://docenti.unisa.it/025916/home -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: -------------- parte successiva -------------- Un allegato non testuale è stato rimosso.... Nome: Four Research Positions at University of Parma_02-2022.docx Tipo: application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document Dimensione: 22032 bytes Descrizione: non disponibile URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Fri Feb 18 16:52:15 2022 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Fri, 18 Feb 2022 16:52:15 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] bando borse di studio Message-ID: <72512a82-b392-3a3f-7d74-f238fbef3a36@unitus.it> Buongiorno, vorrei segnalare un bando aperto all'Università della Tuscia per 2 borse di studio su ?Sviluppo di pipeline bioinformatiche per l?analisi di dati genomici e climatici con metodi machine learning?. L'attività riguarda l'analisi combinata di dati climatici, produttivi e riproduttivi su animali di interesse zootecnico, nell'ambito dei progetti EU Highlander (HIGH performance computing to support smart LAND sERvices) e Sebastien (Smarter livEstock Breeding through Advanced Services Tailoring Innovative and multi-sourcE data to users? Needs). Il gruppo ha la possibilità di aprire posizioni anche per bioinformatici con maggior esperienza. Per ulteriori dettagli, potete scrivere a gchillemi a unitus.it Grazie -- Prof. Giovanni Chillemi Department for Innovation in Biological, Agro-food and Forest systems (DIBAF) University of Tuscia Via S. Camillo de Lellis snc, 01100 Viterbo, Italy phone +39-0761-357429 -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Wed Feb 23 17:43:57 2022 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Wed, 23 Feb 2022 17:43:57 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] COURSE ANNOUNCEMENT: Metabolomics and Integrative omics: from data production to analysis. Bari, 28-29 Apr 2022 References: Message-ID: <4220C725-DE6E-42B1-83FF-BE79F91BE7F9@ibiom.cnr.it> COURSE ANNOUNCEMENT Please circulate this email to those who might be interested. ELIXIR-IT is pleased to announce the upcoming workshop on Metabolomics and Integrative omics: from data production to analysis . IMPORTANT DATES Deadline for applications: 27 Mar 2022 Deadline for the presentation of use cases (see below): 27-03-2022 Course date: 28-29 April, 2022 VENUE CNR Research Area of Bari Via Amendola 122/O 70126 Bari, Italy FEE Academic: 90 EUR PhD students: 70 EUR Undergraduate students: 60 EUR Industry:120 EUR This workshop is limited to 50 in-person participants on a first-come-first-serve basis. COURSE DESCRIPTION The workshop is designed to enable the attendees to apply metabolomics in a research-based context. We will focus both on experimental design and data analysis of different data sources integrated at the level of the metabolome. Attendees will engage into the design of a mass spectrometry-based metabolomics experiment with cutting-edge equipment and will gain an overview on the use of specific software platforms for metabolomics data mining. Special attention will be paid to the integration of metabolomics data with metagenomics, gene expression and proteomic data. TARGET AUDIENCE Research scientists who are using or planning to use metabolomics analysis in their research activities are welcome to attend the workshop. Participants are invited to present a use case by submitting an abstract (max 150 words) containing a short description of their research topic and the metabolomics issue/approach they wish to discuss with the speakers. The Organizing Committee will select ten abstracts for a flash presentation and discussion during the roundtable on Friday, on 29th April 2022 afternoon. Registration and full details at: https://elixir-iib-training.github.io/website/2022/04/28/metabolomics-and-integrative-omics-Bari.html Should you have any questions, do not hesitate to contact the ELIXIR-IT Training Platform at elixir.metabolomics2022 a gmail.com Kind regards, The organizing committee We apologise for cross-posting. Please, email us back with the word REMOVE as the subject line, if you don't want to receive messages from ELIXIR-IT Training anymore. ___________________ Dr. Francesca De Leo, PhD Istituto di Biomembrane, Bioenergetica e Biotecnologie Molecolari (IBIOM) CNR Via Amendola 122/D 70126 Bari (Italy) tel. +39 080 592 9676 priv. +39 3928537451 skype. francydeleo e-mail francesca.deleo a cnr.it --> please note NEW E-MAIL:  f.deleo a ibiom.cnr.it <-- -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: -------------- parte successiva -------------- Un allegato non testuale è stato rimosso.... Nome: banner_vers_3-1.png Tipo: image/png Dimensione: 76045 bytes Descrizione: non disponibile URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Fri Feb 25 17:07:31 2022 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Fri, 25 Feb 2022 17:07:31 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] bando per bioinformatico libero professionista In-Reply-To: References: Message-ID: Agli interessati. Si inoltra l'informazione per la seguente posizione presso l'Ospedale Policlinico San Martino di Genova, con preghiera di diffusione. *Bando per un bioinformatico libero professionista presso l?IRCCS Ospedale Policlinico San Martino di Genova.* *Scadenza: 28 Marzo 2022* _Requisiti_ È richiesto diploma di laurea *magistrale* in *bioinformatica* o in *informatica* o in *ingegneria informatica* o *ingegneria biomedica* o di *master in bioinformatica*. _Progetto_ Il contratto sarà assegnato nel contesto del progetto UE ?*EOSC-Life: Building a Digital Space for the Life Sciences*? che raggruppa 13 infrastrutture di ricerca biomedica europee per la condivisione dei loro dati in ambiente cloud. Maggiori informazioni sono disponibili nel sito del progetto https://www.eosc-life.eu/ . _Compiti_ Compito del contrattista sarà lo sviluppo di un sito basato sulla piattaforma *Galaxy*, in collaborazione con microbiologi italiani e non. È richiesta in particolare la realizzazione di tool Galaxy per la ricerca e l?analisi di dati microbiologici e di dati a questi associati, da comporre in workfow complessi e articolati di gestione e analisi di dati. I tool e i workflow sviluppati devono anche essere containerizzati per una rapida distribuzione. Le applicazioni previste coprono un ampio spettro e andranno dall'inserimento e validazione delle informazioni dei cataloghi delle collezioni di microorganismi all'analisi di dati genomici legati al microbioma. _Competenze_ Le competenze ottimali del contrattista comprendono *gestione di basi di dati, approccio FAIR, sviluppo e utilizzo di interfacce API, linguaggio di programmazione python, ambiente Linux, workflow management systems (Galaxy in particolare), docker/kubernetes, sistemi cloud*. Sono indispensabili capacità di lavorare in gruppo e ottima conoscenza dell'inglese. _Contratto_ Il contratto non esclusivo avrà la durata di *due anni* con un impegno di *30 ore settimanali*. *L?importo del contratto è di complessivi 86.400 ? lordi pari a 30,00 ?/ora lordi.* Trattandosi di un rapporto libero professionale, il vincitore dovrà essere in *possesso di partita IVA*. _Sede di lavoro_ *La sede di lavoro è presso l?Ospedale Policlinico San Martino di Genova.* Data la tipologia dell?attività richiesta, parte di essa potrà essere svolta in remoto. _Bando e informazioni_ Il bando è accessibile on-line sul sito del San Martino, sezione Lavora con noi -> Incarichi professionali. Vedi https://www.ospedalesanmartino.it/bandi-e-gare/incarichi-professionali/publiccompetition/1458248-22lp_proteo_bionf.html . Per informazioni, contattare l?ing. Paolo Romano via email all?indirizzo paolo.romano a hsanmartino.it . Dr. Paolo ROMANO Proteomics and Mass Spectrometry Unit IRCCS Ospedale Policlinico San Martino Genova Skype p.romano -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: -------------- parte successiva -------------- Un allegato non testuale è stato rimosso.... Nome: BANDO.pdf Tipo: application/pdf Dimensione: 272207 bytes Descrizione: non disponibile URL: From elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it Mon Feb 28 12:29:23 2022 From: elixir-ita_ml.elixir-ita.cnr.it a srv00.area.ba.cnr.it (General ELIXIR-Italy Mailing list) Date: Mon, 28 Feb 2022 12:29:23 +0100 Subject: [ELIXIR-ITA_ml] 2022 Galaxy Community Conference (GCC2022), July 17-23, Minneapolis, Minnesota, USA Message-ID: <9467C857-F743-4C54-8A39-E3973BB4C7EB@gmail.com> 2022 Galaxy Community Conference (GCC2022) July 17-23, Minneapolis, Minnesota, USA https://galaxyproject.org/events/gcc2022/ Deadlines: April 12: Oral presentation and lightning talk abstracts due May 12: Early registration ends June 3: Demo and poster abstracts due The 2022 Galaxy Community Conference (GCC2022) will be held July 17-23 in Minneapolis, Minnesota. GCC brings together hundreds of faculty, clinicians, researchers, and students, all working in and supporting data intensive science that is accessible, shareable, and reproducible. GCC2022 features oral presentations, lightning talks, posters, demos, birds-of-a-feather gatherings (BoFs), training, a CollaborationFest, and plenty of opportunities for networking. Presentations will cover the full spectrum of Galaxy applications, enhancements, and deployments. If you are working in data intensive science then GCC2022 is an ideal conference for sharing your work, learning from others, and finding new collaborators. Present your work! Abstract submission for talks, lightning talks, demos, and posters is now open. If you work in data-intensive science then please consider presenting your work at GCC2022. This is a chance to present to 200+ researchers, all addressing challenges in data intensive science. Abstract submissions for oral presentations are due on April 12. Submit an abstract (or two) now! Topics of Interest If you?re currently working on any of these topics, this conference is for you: Omics data analysis: genomic sequencing, microbiome, proteomics, imaging, you name it! Tools and visualizations for working with omics data Compute infrastructure for enabling data intensive science Galaxy applications in any domain or topic: ML, climate, NPL, ? Outreach and training related to data analysis Registration Registration information is available on the conference website . Early registration ends May 12. So, register early! About Galaxy Galaxy is a platform for data integration and analysis in the life sciences. It enables researchers to build, run, share, and repeat their own complex computational analyses using only a web browser and without having to first learn system administration and command line interfaces. The Galaxy Project is driven by a vibrant community who publish workflows and analyses, wrap new tools, maintain and enhance the source code, provide support, and write documentation and training materials. Galaxy is open-source and freely available, and is deployed in hundreds of organizations, running on everything from laptops to supercomputers to public and private clouds. Over 150 of these platforms are publicly available and can be used with little or no setup. Thousands of tools have been ported to Galaxy and are deployable from the Galaxy Tool Shed. Galaxy was developed to support life science research, but the platform is domain agnostic and is now used in domains as diverse as natural language processing, computational solid geometry, and social science. Hope to see you in Minneapolis! GCC2022 Organizers -------------- parte successiva -------------- Un allegato HTML è stato rimosso... URL: